La Nave del misterio viaja 20 años atrás para abordar el Expediente X español más famoso: el caso Vallecas. José Pedro Negri, inspector jefe de la Policía Nacional que investigó el caso, habla en exclusiva con Iker Jiménez sobre los misteriosos fenómenos vividos por él y su equipo, que fueron recogidos en el informe oficial de este suceso que acabó con la vida de una joven después de una sesión de ouija. A partir de ese momento, los miembros de la familia vivieron una auténtica pesadilla en su hogar: figuras oscuras que parecían reptar por los dormitorios, una foto que arde o la voz de la niña que parecía surgir del fondo del pasillo. Allí, el inspector Negri y sus hombres fueron testigos de fenómenos extraños que fueron recogidos en un documento oficial de la Policía. Además, el programa realizará conexiones en tiempo real desde el interior de la casa.